18ساله بود که در حضور والد ارجمندش و به دست یکی از سادات محترم، به لباس مقدس روحانیت ملبّس شد. بیش از یک سال از تلبّس او به این لباس شریف نگذشته بود که در سوم آذر 1328 (سوم صفر 1369 ق) پدر بزرگوارش به عالم بقاء رحلت کرد؛ پدر گران‌‌قدری که نه‌‌تنها برای او پدر بود، بلکه معلّم، استاد و مراد او بود. وقتی قریب دو سال از وفات پدر گذشت، تصمیم گرفت جهت ادامۀ تحصیل علوم اسلامی به مهد علم و تقوی، قم، عزیمت کند.
در سال 1331 به منظور گذراندن دورۀ دبیرستان، موقتاً به تهران بازگشت. به خاطر هوش و استعداد سرشاری که داشت، کل‌ّ دورۀ دبیرستان را در طول 14 ماه اقامت در تـهران با موفّـقـیّـت پشت سر گذارد. در همین دوران بود که ایران در تب و تاب نهضت آیتالله کاشانی بود. شیخ شهید پس از کودتای نـنـگین 28 مرداد، در شهریور 1332، برای اولین‌‌بار در تـهـران دستگیر و زندانی شد. ولی پس از مدت کوتاهی آزاد شد.
شهید شاهآبادی در مهر 1332 دوباره راهی قم شد و تحصیل علوم حوزه را با جدّیت ادامه داد. با ذهن درّاک و ذکاوت سرشار، این دروس را سریعاً می‌‌آموخت. در سال 1334، یعنی در 25سالگی، سطوح عالی حوزه را به اتمام رسانید. در دروس خارج فقه و اصول آیت‌‌الله‌‌العظمی بروجردی و امام راحل و آیت‌‌الله‌‌العظمی گلپایگانی و آیت‌‌الله‌‌العظمی اراکی و آیتالله محقـق داماد و نیز درس اسفار علامه طباطبایی حاضر شد. در 35سالگی به مرتبۀ اجتهاد نائل آمد و پس از آن به تدریس در حوزه پرداخت.